一般情况下，肝囊肿手术不会对肝造成损害，但如果患者本身患有肝炎、肝硬化等疾病，此时再进行肝囊肿手术，可能会对肝造成损害。具体分析如下：
1.没有损害
肝囊肿是一种良性病变，大多数患者没有明显症状，通常是在体检时被发现。如果患者的肝囊肿比较小，一般不需要进行特殊处理，定期复查即可。如果患者的肝囊肿比较大，压迫周围脏器，导致患者出现不适症状，则可以通过手术切除肝囊肿，手术一般比较简单，不会对肝造成损害。
2.有损害
如果患者本身患有肝炎、肝硬化等疾病，肝脏组织已经出现实质性破坏，或肝脏组织已经出现增生结节，此时再进行肝囊肿手术可能会引起肝损害。在手术过程中，仪器会通过刺破肝脏囊肿壁，进而造成囊液外漏，此时液体会流入腹腔，引起腹腔感染，严重时可能会导致肝损害加重。