三个月的宝宝晚上频繁夜醒可能是肠绞痛、消化不良、中耳炎等导致。
1、肠绞痛：肠绞痛一般出现于宝宝3-6周。这种情况经常在下午和夜晚发生。宝宝会出现脸发红、握拳、脚瘸等症状。可以选择腹部按摩的方法，将手掌搓热，放在小腹上，顺时针方向按摩，可以减轻疼痛。
2、消化不良：三个月宝宝的消化系统不健全，对食物的吸收能力很差，夜间容易出现饱胀感，导致睡眠困难。可以少量多餐的进食习惯来缓解症状。
3、中耳炎：仍在母乳喂养的宝宝特别容易呛奶。如果奶水从宝宝的咽鼓管回流到中耳，就会导致急性化脓性中耳炎，造成宝宝的耳朵疼痛和发烧。如果宝宝坐立不安，抓耳挠腮，夜醒啼哭，也可能是因为中耳炎。可以在医生指导下口服头孢克肟片、阿奇霉素片等抗生素药物治疗。
三个月的宝宝晚上频繁夜醒还可能是维生素D缺乏性佝偻病导致。建议给宝宝及时补充钙剂，平时要带宝宝多晒太阳。注意药物均需在医生指导下使用，避免自行使用造成不必要的危害。